Sena leģenda stāsta, ka 1364 gadā lietuviešu etiopijas vārdā Гоштаутас, uzaicināja uz valsti, 14 franciskāņu mūkiem un uzdāvināja viņiem mājās, lai viņi varētu apmesties valstī. Kad Гоштаутаса aizbrauca, visi mūki bija nogalināti. Kādu laiku vēlāk, etiopijas uzaicināja citu mūku aizsācējs. Jaunu mūku, viņš ielika citā vietā, bet uz vietas nogalinātiem mūku viņš uzcēla baznīcu, kas nosaukts par godu Svētā Krusta.

Uz 1524 gadā baznīca nodega. 1635. gadā šajā vietā apmetās priesteri бонифратры. Viņi sāka savu darbību ar to, ka uzcēla jaunu baznīcu, Svētā Krusta, nodibināja atrodas tāda paša nosaukuma klosteris un atvēra klostera teritorijā slimnīcā. Vēlāk slimnīcā pagriezās uz patversmi, lai garīgi slima. Baznīca Гоштаутаса tika atvēlēts zem монастырское telpa. Psihiatriskā slimnīca darbojās šeit līdz 1903. gada, kad tika pārcelta uz jaunas ēkas, kas celtas īpaši psihiatriskās slimnīcas.

Uz 1737 gadā baznīca atkal nodega. Uz 1748 gadā baznīca tika atjaunota, tika pilnībā ремонтирован interjeru, tika izveidotas sešas altāri, un tika uzstādīta костельная katedra, celta baroka stilā. Tāpat baroka stilā noformēts fasāde un pati klostera ēka. Lai gan pēc šīs restaurācijas eksterjerā ēkas parādījās un rokoko elementi. Baznīcas iekšienē majestātiski paceļas virs plašu telpu, akmens, krustojošās arku velves. Interesanti kombinācija arhitektūras elementu baroka, rokoko un неорококо.

Tempļa teritorijā atrodas avots, ir uzskatāms par burvju nūjiņa. Leģendas vēsta, ka avots parādījās negaidīti pie statujas Bezvainīgās Ieņemšanas. Tas ir tieši tā vieta, kurā bijuši pakļauti spīdzināšanai убиенные mūki францисканцы. Saka, ka īpaši labvēlīgi ietekmē ūdens avota uz pacientiem, kas cieš no acu slimībām.

Baznīcā ir vēl un brīnumainā krusta, kas uzstādīts virs galvenā altāra. Zem krusta ir attēls Vissvētās jaunavas Marijas ar bērnu. Domājams, ka aina ir sarakstīta 17. gadsimtā, bet доподлинное gleznas izcelsme nav zināma. Tā arī ir ierindota viena no lielākajām чудотворным творениям. Kopiju dievmātes gleznas Vissvētās jaunavas Marijas ar bērnu, kā freskas, var redzēt un galvenajā fasādē Baznīcas. Tā atrodas zem арочным frontons, kas 1737 gadā starp diviem sānu torņiem, baznīcas.

Starp 1914 un 1924 gadiem baznīcā notika speciālajām dienesta skolēniem lietuvas skolām. Laikā, kad Viļņa bija okupēta no Polijas puses, baznīcā nav veikti pakalpojumu lietuviešu valodā.1843. gadā Ordenis бонифратров tika likvidēts, un uz vietas klostera atliek tikai to pārstāvniecību. 1909. gadā baznīca atkal bija ремонтирован. Pēc Pirmā pasaules kara, 1924. gadā, bīskaps Jurģis Матулайтис uzaicināja бонифратров atgriezties Svētā Krusta klosteris. Atgriešanās mūku klosteris bija ļoti своевременен. Viņi izremontēja baznīca, uzstādīšana tajā ir sešas svētbildes. Arī tie ir sakārtoti, kad svētā klostera patversme veciem cilvēkiem un bezmaksas ēdamistaba trūcīgajām "Caritas".

Otrā pasaules kara sākumā brāļi no Вильны tika atsaukti ordenis бонифратров. 1947. gadā klosteris приютил māsu draudzes "Jaunavas Marijas Bezvainīgās Ieņemšanas". Tomēr dominēja viņi šeit ilgi. Padomju varas iestādes slēdza 1949. gadā un klosteris un baznīca. Klostera ēkās tika izvietotas dzīvojamās dzīvokļi.

1976. gadā baznīcu отреставрировали un ierīkoja tajā koncertzāle Viļņas filharmonijas, tā saucamā "Mazā zāle baroka". Šeit tika rīkotas ērģeļmūzikas koncerts.

Вильнюсское архиепископство saņēma atpakaļ savas ēkas tikai pēc izmaiņām valsts ierindas, 1990. gadā. Baznīca un klosteris ēkas ir atjaunotas, iesvētīti un nodot atkal монахиням kongregācijas māsas "Jaunavas Marijas Bezvainīgās Ieņemšanas".