Marijas Magdalēnas baznīca atrodas Södermalm. Baznīcas vēsture aizsākās 1350-m gadiem, kad karalis Magnuss Ericsson ar atļauju pāvests Klements VI šeit uzcēla kapelu un veltījis viņai Marijas Магдалене. Ēkas izskatu tajos gados ir slikti dokumentēts, un tikai nonākusi līdz mūsu dienām vara gravēšana attēlots kapelu kā neliela ēka ar lielu torni, увенчанной остроконечным spice.

Sākumā 1520's Gustavs Васа освобождал Stokholma, un viņa karaspēku vadīja Педером Фредагом apmetās kapela, bet tie cieta smagus zaudējumus, kad dāņu karaspēku Kristiāna II viņiem uzbruka no pilsētas. Šis notikums, iespējams, arī bija viens no galvenajiem iemesliem, kāpēc Gustavs Васа iznīcināja visas baznīcas, klosteri un kapelas, kas ieskauj pilsētu, pēc ieviešanas protestantisms gadā 1527, tai skaitā arī kapelu Marijas Magdalēnas. Tomēr, viņa dēls karalis Jānis III, sākās jaunas baznīcas celtniecība uz vietas kapelas 1588 gadā. Tomēr viņa nāve 1.592 pārtrauca noklausīties celtniecības darbi, un baznīca palika nepabeigti līdz 1634 gada.

Arhitekti Nikodēms Тессин Vecākais un Тессин Jaunākais ķērušies pie būvniecības turpināšana un uzcēla baznīcu baroka stilā. Smaili, считавшийся skaistākā Stokholmā, tika iznīcināta ugunsgrēka laikā 1759 gadā, kas arī iznīcināja 300 citas ēkas apkārtnē. Kārlim Юхану Кронстедту tika uzdots atjaunot baznīcu, un tās projekts tika pabeigts 1763. Viņš ir saglabājis lielāko daļu no sākotnējā konstrukcijas. Baznīcas interjera restaurācija Marijas Magdalēnas tika veikta 1927.gadā, tad arī šeit tika uzstādīts un pirmo iestāde, otrais bija pievienots 1986. gadā.