Stāsts muzeja Akvitānijas Bordeaux tiek skaitot otrajā pusē XVIII gadsimtu – kopš tā brīža, kad Akadēmijas Bordo tika dibināta akmens skulptūru muzejs, kurā atradās romiešu mantojumu. Šie artefakti tika konstatēti rakšanas darbus, pilsētas robežās, kas periodiski tika veiktas posmā no XVI līdz XVIII gadsimts.

1963. gadā iestāde tika pārdēvēta muzejs vēstures, arheoloģijas un etnogrāfijas, kā arī kļuva zināms ar nosaukumu "Akvitānijas muzejs". 1987. gadā muzejs pārcēlās uz ēku bijušo fakultātes mākslas un zinātnes, kas celta XIX gadsimta beigās vietā, klosteris, kas pazīstams kā apbedījuma vietu, rakstnieka un filozofa Мишеля de Монтеня. Akvitānijas muzejs atrodas netālu no katedrāles, Svētā Andreja Pirmsauktā.

2009. gadā muzejā tika atklātas jaunas zāles, kas ir veltīti tik sarežģīto tēmu vēstures koloniālās Francijā, piemēram, verdzība un cilvēku tirdzniecība. Bordo bija otrais pēc Nantes ostu, caur kuru uz Eiropu atceļoja melnās невольники. Tikai caur Bordo tika nogādāti aptuveni 130 tūkstoši vergu. Muzejā dokumenti un citi eksponāti, kas stāsta par dzīves apstākļiem un darba vergu, sodi nemieri un dzinumi.

Pašlaik platība muzeja veido vairāk nekā 5000 kvadrātmetru, bet sapulce eksponāti ir aptuveni 70 tūkstoši glabāšanas vienību. Visi šie priekšmeti, dokumenti, mākslas darbi veido vēsturi vēsturiskā zonā Zeme un tās galveno pilsētu Bordo. Agrākais šīs kolekcijas eksponāti datēti ar aizvēsturiskiem laikmetā, daudzi eksponāti ir liecības par dažādiem laikiem – romiešu, agrīnā kristiešu, Viduslaiku. Arī muzejā var apskatīt ekspozīciju, kas veltīta jūrniecības vēstures Bordo, mākslas tautu Āfrikas un Okeānijas.