Ideja izveidot Arheoloģijas muzeja pilsētā Almeria radās vēl pirmajā pusē 19 gadsimtā. Pie 1837 no tuvāko pilsētu un tās apkārtni klosteru izdevās izņemt 196 gleznas, kā arī senas monētas un kapu plāksnes, rotaslietas, traukus, kas attiecas uz laikposmu arābu kundzības Spānijā. Tomēr vairāku nezināmu iemeslu muzeja atklāšana tajā laikā tā arī nav notikusi. Pēc tam liela daļa šo artefaktu bija muzeja kolekcijas ārpus Альмерии un pat ārzemēs.

Izsludināšanas Otrajā Spānijas Republika bija tā, ka 1933. gadā Альмерии tomēr tika atklāts Arheoloģijas muzejs, kas ir laiduši ēkā zinātniski-pētnieciskā institūta. Sākotnējo muzeja kolekciju veido arheoloģiskie pieminekļi, kas atrasts, veicot izrakumus pie Альмерии un tās apkārtnē. 1934. gadā muzejs jau ir sācis sadarbību ar citām музейными fondu valsti. 1979. gadā sakarā ar paplašināšanos kolekciju muzejs tika pārcelts uz ēku, kurā atradās koledža Jaunavas Marijas del Mar.

1998. projekta arhitektu Ignacio Garsija Педроса un Anžela Garcia de Паредес tika būvēta jauna ēka, kas atbilst mūsdienu prasībām. Iekšējās telpas jaunā korpusa, plašas un gaišas pateicoties rūpīgi pārdomātu sistēmu dabiskā apgaismojuma, kas atšķiras ar minimālisma dizainu, skaidri ģeometriskajām līnijām un telpisko apjomu. Arheoloģijas muzeja kolekcijā Альмерии iesniegti eksponātiem, sākot no laikmeta paleolīta un līdz perioda mauru kundzības Ibērijas pussalā.