Baznīca, San Sebastian atrodas kalna virsotnē, netālu no zivju tirgus, vecpilsētas ziemeļu daļā Лагуш. No šīs vietas paveras brīnišķīgs panorāmas skats uz līci. Baznīca tiek uzskatīta par vienu no vecākajām un lieliskas baznīcas pilsētā.

Vēl pirms tam, kad tika uzcelta baznīca, šajā vietā 1325.gadā atradās kapela Jaunavas Marijas Bezvainīgās Ieņemšanas. Uz 1463 gadā bīskaps Жуао de Mello veicināja to, lai šajā vietā tika uzcelta baznīca. Uz 1490 gadā pēc karaļa pavēles Portugālē, dona Жуао II, atkal tika veikti rekonstrukcijas darbi, un baznīca tika paplašināta. Pēc šī baznīca tika iesvētīta baznīca, San Sebastian (baznīca svētā Sebastiāna). Diemžēl, kā tas ir noticis ar daudzām vēsturiskajām ēkām Portugālē, baznīca tika gandrīz sagrauta laikā Lisabonas zemestrīce 1755. gadā. Baznīca atguva, un pēc diviem gadsimtiem vēlāk, baznīca atkal bija sagrauta zemestrīces, kas notika 1969. gadā. Ar laiku baznīca atkal tika atjaunota.

Baznīcā trīs nave, kas ir sadalīti дорическими kolonnām. Oriģināls galvenais baznīcas altāris ir datēti ar XVI gadsimtu. Altāra sastāv no četriem paneļiem. Tiek pieņemts, ka šie paneļi ir radīti viens no slavenākajiem māksliniekiem Algarves XVI gadsimtā Алваро Диашем. Baznīcā ir saglabāts veco plānu pilsētas. 1828. gadā pie baznīcas tika pievieno tornis ar pulksteni.

1924. gadā baznīca, San Sebastian tika iekļauta unesco pieminekļu-valsts nozīmes.