Zagrebas universitāte ir visvairāk veco ne tikai Horvātijas teritorijā, bet arī Dienvidaustrumu Eiropā. Datums oficiālas dibināšanas uzskatīts, 23. septembrī 1669 gada, kad romas imperators un венгерско-ungāru karaļa Leopolda I izdeva likumu, kas atzīst privilēģijas un statusu augstākās izglītības iestādes bijušajā jezuīts akadēmijas, kas bija spēkā uz teritorijas brīvas karaliskās pilsētas Zagrebas, bijušo galvaspilsētu Karalistes, Horvātijas un Славонии. Šis datums ir sākums vēsturi Загребского universitātes tās cīņā par praktiski realizēt iegūto tiesību un saņemt pienācīgu vietu starp cienījama un pārstāvja universitātēm un akadēmijām Centrālajā Eiropā.

Stāsts Загребского universitātes mūsdienu tā kā sākas ar iniciatīvas джяковского bīskapa un ievērojamu horvātijas mecenāta Йосипа Юрая Штроссмайера, kad viņš 1861. gadā ierosināja organizēt augstskolā ir četras fakultātes: medicīnas, teoloģijas, filozofijas un juridisko. Šis priekšlikums tika izskatīts vairāku gadu garumā, un 1874. gadā horvātijas parlaments pieņēma šo iniciatīvu un izdeva dekrētu "Par universitātes". Tajā pašā gadā universitāte nomainīja nosaukumu un kļuva par saukties par Mūsdienu universitāti Zagrebas.

Kopš 1990 universitāti tika iegūta liela autonomija, tajā pašā laikā sākās pievienošanās Болонскому procesu.