Uz Japānas vēsturē bija laiki, kad valdnieki labvēlīgi kristietības izplatīšanos, un ir periodi, kad ir atvesta no ārzemēm, mācībām izrādījās negodu, bet viņa sekotāji tika nežēlīgi vajāts. XV un XVI gadsimtos kristietība ātri izplatījās uz salu arhipelāgā, bet XVI gadsimta beigās izrādījās noliegta, un iedzīvotāji Japānas izlikās, ka viņa slepeni. Iedzīvotāji Nagasaki ir spiesti katru gadu jāpierāda, ka nav kristieši. Lai to izdarītu, viņiem piedāvāja mīdīt attēla Jēzus Kristus un Dieva Māte, un šis rituāls viņiem nācās iet līdz XIX gadsimta vidum. Kopumā kristietība bija aizliegts Japānā veselas divas ar pusi gadsimta, pa šo laiku ir izpildīts, tiek nogalināti. vai izraidīt no valsts tūkstošiem cilvēku, kuri šo reliģiju.

5. februārī 1597 Nagasaki ir publiski izpildīts par misionāru darbību 26 cilvēki, starp kuriem bija 20 japāņiem, četru finālā, kā arī meksikānis un indietis. Pēc pasūtījuma valdīja tad shogun Хидэеси Тоетоми arestēti kristiešus spīdzināja, tad rezultātā Nagasaki un krustā uz krustiem, kas uzstādītas uz kalna Нисидзака. Pēc soda bojā mocekļu tērauda palasīt kā svēto un atzīt par tiem ir dažādas brīnišķīgi darbi. Pēc simts gadus pēc to kanonizācijas 1962. gadā uz kalna bija atvērtas piemineklis un muzejs. 6. februārī romas Katoļu Baznīca Japānā, atzīmē viņu atmiņas.

Muzeja kolekcijā ir atrodami svarīgākie dokumenti, kas nākuši no Eiropas un apkopoti Japānā, mākslas darbi perioda agrīnās kristietības Japānā. Ekspozīcijas hronoloģiskā secībā apmeklētājus iepazīstina ar periodu agrīnās kristietības laikiem kristiešu vajāšanām un dzīvi slepenas katoļi laika periodā norobežošanās no valsts.

Tagad kristietība ir trešā no galvenajiem reliģijas Japānā pēc budisma un sintoisma. Sākumā XXI gadsimta valstī bija aptuveni 2, 5 miljoni kristiešu, galvenokārt katoļi.