Santa Cruz tika uzcelta mūkiem-jesuits 1608 kā draudzes baznīca ar ķīnas imigrantu Manila, no kuriem daudzi ir pieņēmuši kristīgo ticību. Kad jezuīti tika izsūtīti no Filipīnu salām, baznīca pārņēma valdījumā uz mūkiem-доминиканцам. Baznīcas ēka divreiz bija gandrīz iznīcināta, kā rezultātā spēcīgas zemestrīces un nopietni cietis laikā slavenā Kaujas par Manila februārī, 1945 gadā, kas iezīmēja beigas gandrīz trīs gadu okupācijas pilsētas japāņiem.

Kad 1571 Manila ir bijusi deklarēta Filipīnu arhipelāga galvaspilsēta, viņa sāka pārvērsties sava veida viduslaiku eiropas pilsēta ar baznīcām, pilīm un marijas laukumā, celta stilā spāņu baroka. Pašreizējā ēka ir Baznīca, Santa Cruz, отреставрированное 1957. gadā, atjaunots savā sākotnējā izskatā. Tomēr viņa tornī var redzēt pēdas ir tipisks āzijas arhitektūras stilu. Baznīcas altāris no pirmā acu uzmetiena šķiet nedaudz pazemināt, bet to gaismas noformējums lieliski.

Santa Cruz atrodas uz Laukuma Лаксон (bijusī Laukums Гойте), netālu no slavenā Strūklaka Каррьедо uzbūvētu vēl 1882. gadā par godu "lielo labdari Filipīnām", Francisco Каррьедо, kas ziedoja 10 tūkstošus peso būvniecības pirmās Manila ūdensvada sistēmas.