Būvniecība klostera Нинна-ji sāka 886 gadā viens imperators - Кеке, un noslēdza divus gadus pēc nāves priekštecis citu – Uda. Pēc atsacīšanās no troņa imperators Uda pats pieņēma mūku kārtu un devies uz mūku. Sakarā ar to, ka pensionēts imperators ir nodzīvojis atlikums no tās dienas, klosteris ieguva neoficiālo nosaukumu "Old imperial palace Омуро". Oficiālais pats nosaukums Нинна-ji tiek tulkots kā "Klosteris человечной harmoniju".

Kopš dibināšanas baznīcas un, kamēr otrajā pusē XIX gadsimta настоятелями klostera dēli kļuva par imperatoru, kas lietoja zvērestu, mūku gribu savu tēvu.

Klosteris trīs reizes notika pārbaudes uguni: ugunsgrēka gadījumā 1119 gadā komplekss ir zaudējis lielāko daļu no savām ēkām, kā arī nemierīgos laikos Онин (1467-1477 gados) tā vietā palicis tikai пепелище. Tā tika atjaunota tikai XVII gadsimtā, jā un arī tad ne pilnībā. Par to, cik liels ir klostera īpašumus, liecina 88 izkārtojumu паломнических tempļi, kad stāvot uz tās teritorijas, kas noteiktas par dārzu. 1887. gadā nodega daļa celtņu Нинна-ji, tomēr restaurācija sākās tikai pēc vairāk nekā divus gadu desmitus.

Šodien Нинна-ji ir galvenais klosteri budistu sektas Сингон-Omura un atrodas Уке veco japānas galvaspilsētas. Galvenais svētums Нинна-ji – Budas statuja Амида. Galvenā baznīca, klostera Нинна-ji ir UNESCO Pasaules kultūras mantojuma sarakstā, un daži tās ēkas un saglabāti retumus statuss ir nacionālā bagātība Japānā - īpaši Condo - galvenā zāle, baznīcas, koka Budas attēls, attēls uz zīda dievības Кудзяку un citi. No iekšpuses templi rotā unikālas dabas gleznas un citi mākslas darbi.

Teritorija-tempļu komplekss ir sadalīts vairākām augstām sienām. Dienvid-rietumu daļā tā atrodas dīķis un paviljoni, kuros glabājas bagātības un seni mākslas darbi. Uz ziemeļiem atrodas arī galvenā zāle Condo, пятиярусная pagoda un ķiršu dārzs, kur daudzus gadus tiek audzēti šķirnes Омуро Cherry, kas zied vēlāk visiem. Pie baznīcas atrodas skola икебаны Омуро.