Saskaņā darbiem ярославских vēsturnieku Афанасьевский klosteris tika dibināta pēc 1612 gadā, laikā, kad blakus baznīcai Atanāsijam un Kirila kapelā notika iegūšana brīnumdarošās ikonas Pestītāja Нерукотворного. Bet ir dokumentālas liecības par to, ka šis klosteris bija jau 16 gs. 1615 gadā Gabriels Мякушкин, земский vecākā vērsās pie metropolītam ростовскому Kirilam ar lūgumu svētīt pamats klostera uz svētvietā.

Ir dokumentālas ziņas par to, ka Афанасьевский klosteris управлялся игуменами. Pirmajos pastāvēšanas gados, tā jau ir ieguvuši īpašumtiesības un privilēģijas грамотам Mihails Fedorovich. Pirmajā lasītprasmes, датируемой 1619 gadā, tika runāts par to, ka Афанасьевский klosteris ir atbrīvots no руги naudas un maizes rauga, sveces, vīns, vīraks. Arī klosterim ir izcēlusies vietu zem dzirnavām uz Романовской un Jaroslavļas pusē. Ar meža un malkas, kas klosteris brauca pa Volgas, Мологе un Шексне, lai klostera sadzīves priekšmetus nodeva netiek iekasēta. Klosteris arī освобождался no постоя karavadoņus, бояр, prinči un ратных cilvēku.

Pirmās celtnes klosteris bija koka, 17. gs. klosteri vairākkārt сгорала laikā ugunsgrēki. Tā, 1658 gadā klosteris pilnībā nodega. Pirmā akmens baznīca klostera godu Atanāsijam un Kirila tika celta 1664. gadā ar visaugstisvētītā rostovas Joni Сысоевича. Pēc būvniecības beigām baznīca bija rotātas gleznojumiem, kas izgatavoti maskavas meistari. Ugunsgrēkā 1670 g klosteris atkal cieta. 1676. gadā pie katoļu baznīcas ziemeļu tika pievienot ziemas baznīca ar zvanu torni, kas tika iesvētīta par godu Maskavas metropolītam Aleksija ii. 1736 gadā, pēc pieprasījuma, klostera igumenu Joni un saskaņā ar dekrētu, arhibīskapa Иоакима uz Афанасьевскому klosterim ir saistāma ar kapelu, пристроенную uz Знаменской vai Власьевской tornī, kas bija въездными vārtiem uz Zemes pilsēta. Šodien tā pazīstama ar nosaukumu Знаменской baznīcas.

Афанасьевский klosteris ir nozīmīga nekad nav bijis nedz bagātību savus īpašumus, ne pēc skaita inokiem: 1717 gadam šeit dzīvoja tikai septiņi mūki jā, viens белец; štats nav pieaudzis, un saskaņā ar 1802 gadam klostera Teritorijā bija pavisam maza, viņa ограничивалась akmens zemu sienu tikai no austrumiem un ziemeļaustrumiem. Par citām pusēm kā žoga uzstājās klostera надворные būves обывательских mājas, kā arī Rīgas svētās trijādības-Пробоинская baznīca.

Pēc austrumu, galvenās fasādes klostera, kas nāk uz Пробойную ielu, 18. gs. uzcēla divas akmens torņi neliela izmēra, viena no tām darbojās Svētajiem vārtiem, vēl atradās kapela par godu svarīgiem notikumiem − iegūšanu šeit brīnumdarošās ikonas. Torņa beidzās smailes ar formām трубящих eņģeļiem.

25 jūnija 1768 gadā centrs Yaroslavl kārtējo reizi notika ugunsgrēks. Sarakstā nodarīto zaudējumu satur, patiesībā, pirmais apraksts būvju Афанасьевского klostera. Veicot atjaunošanas darbus, tika atjaunota krāsošana baznīcas Atanāsijam un Kirila sākotnējā akmens ikonostass nomainīja uz koka.

Uz 1820-1830 gados klostera tika veikti liela apjoma darbi, to labiekārtošanu: tika uzcelts divstāvu mūra настоятельские telpas ar ēstuvē kameras; tika izveidotas divas brālības celles; baznīcas Atanāsijam un Kirila 1825. gadā мещанин Konstantīns Требников dara par saviem līdzekļiem jauno ikonostasu, Aleksandrs Чарышников no Yaroslavl позолотил; 1831. gadā silts templi rotā glezniecību, apgleznošanas izpildījis Timotejs Medvedevs. Tajā pašā laikā tika pārbūvēta, одноярусная zvanu tornis virs папертью siltu baznīcas, klosteri no упраздненного borisa-gļeba draudzes tika nodots 115-пудовый zvans. Ansamblis klostera zvanu torņa bija septiņi zvani.

Kārtējais перестройкам Афанасьевский klosteris piedzīvoja mijā 19-20 gs.: 1897. gadā tika izveidotas akmens pagrabs, каретная, nojume, pirts, stallis; 1903. un 1907. gadā tika veikti remontdarbi katoļu baznīcas līdzekļus, kas piešķirti F. E. Вахрамеевым; 1912. gadā tika поновлена sienu gleznojumi mākslinieks un реставратором Pm Gi Дикаревым par ziedojumiem, A. Un Вахромеева.

1764. g. pēc lēmuma ķeizarienes Katrīnas II Афанасьевскую mājvietu ierindo pie заштатным. Dec 12, 1857 gadā Афанасьевская klosteris tika uzcelts pakāpi третьеклассной, rektors tā bija kopš tā laika, san архимандритов. No 1895. gada Афанасьевский klosteris saņēma statuss rezidences vikārā bīskapa katedra jaroslavļas eparhijas.

Pēc revolūcijas, kad Афанасьевском klosterī tika izveidota draudzes kopiena. Februārī 1925. gadam klosteris tika slēgts, daļa viņa mantu, tika nodota templī Pestītāja uz Pilsētu un citi tempļi. 1930-tajos gados, lai risinātu pilsētas iestādēm zvanu tornis tika nojaukta, bet baznīcas Atanāsijam un Kirila un citu klostera konstrukcijas ir izvietota organizācijas, ražošanas darbnīcas, brāļu korpuss izmantots saskaņā ar izmitināšanu.

Novembrī 2007. gadā templis ar žoga un torņiem Svēto vārtu nodota Krievijas Pareizticīgo baznīcai. Kad Jaroslavļas garīgais seminārs pārcēlās uz ēkas muižas Вахромеева rīkoties ar metropolīta Kirila klostera baznīca kļuva semināra baznīca. 31 janvāris 2008 sānu altārī Aleksija notika pirmais dievkalpojums.