Sv. Nikolaja atrodas vēsturiskajā ceturksnī, kas dots nosaukums svētā Nikolaja, un ir vissenākā baznīcas ēku Berlīnē. Viņa celtne datēta ar 1220-1230 gadiem, šajā laikā baznīca atradās netālu šķērsošanas upes Uzdzīve ar sauszemes tirdzniecības, un bija izskatu трехнефной četrvirzienu baziliku.

13. gadsimtā, veicot korekciju, tā ir pārtapusi зальную готическую baznīca. 15. gadsimtā tā parādījās altāra pasūtīto гильдией berlīnes maizes. Tas состоятельное kārta maksāja noma baznīcas служке, ka bija ļoti ievērojamu materiālu atbalstu. Izskats baznīcas palika nemainīgs līdz pat 19.gs. beigām.

Kapitāla rekonstrukcija baznīcas tika veikta divu gadu laikā un tika pabeigta 1878. gadā (guide darbu uzraudzīja Germans Бланкенштайн). Rekonstrukcijas laikā baznīcas fasāde tika pārbūvēta neogotikas stilā un par to bija otrais tornis, simetriska esošā.

Ar 1938. gada baznīca ir valsts īpašums, bet daļa mākslas darbu ir nodots Мариенкирхе, kur tie saglabāti līdz mūsdienām. Kopš tā laika baznīcas dievkalpojumus tika izbeigtas.

Periodā Otrā pasaules kara laikā baznīca bija stipri bojāta, bet ārējās sienas būves noteicošais. Restaurācija tika veikta vecajiem plāniem un zīmējumiem, sākot no 1981. gada. Šajā periodā tornī baznīcas Svētā Nikolaja uzstādītas zvani-карильон, kas sastāv no 41 zvani.

Šodien baznīcā darbojas pastāvīgā muzeja ekspozīcija – filiāle Бранденбургского muzeju, kas stāsta par vēstures, baznīcas un ar to saistīto vēsturisko personām. Šeit var redzēt kristāmtrauks no bronzas, датируемую 1398 gadu, altāra, kanceles baroka stilā. Iekšējās telpas izceļas ar lielisku akustiku, tāpēc tiek izmantoti kā koncertzāles ērģeļmūzikas koncerts (baznīcā ir trīs spēkā esošās iestādes).